W pierwszej fazie wdrażania e-faktury, polscy przedsiębiorcy będą z niej korzystać dobrowolnie. Będzie ona działała, jako jedna z dopuszczonych form dokumentowania sprzedaży, obok faktur papierowych i obecnie już występujących w obrocie gospodarczym faktur elektronicznych. W 2023 r. korzystanie z e-faktury stanie się obligatoryjne.

Korzyści wynikające z tego rozwiązania:

* Szybkość: podatnicy wybierający e-fakturę, otrzymają zwrot VAT o 1/3 szybciej – termin zwrotu skróci się dla nich o 20 dni, z 60 na 40.
* Bezpieczeństwo: faktura pozostanie w bazie danych MF i nigdy nie ulegnie zniszczeniu czy zaginięciu, nie będzie konieczności wydawania jej duplikatów.
* Przyspieszenie obrotu: dzięki działaniu za pośrednictwem bazy ministerstwa, zawsze będziemy mieli pewność, że faktura trafiła do kontrahenta.
* Wygodę: e-faktury będą wydawane według jednego wzorca tak, że będą bardzo łatwe w użyciu.
* Standaryzację: wzajemne rozliczenia oraz księgowanie faktur w systemach FK stanie się dużo łatwiejsze.
* Mniej obowiązków: podatnik nie będzie musiał przechowywać faktur wystawionych w KSeF, ponieważ będą one przechowywane przez administrację przez okres 10 lat, a więc co do zasady w okresie, w którym większość zobowiązań podatkowych się przedawnia
* Mniej danych do przesłania: podatnik wystawiający faktury w KSeF nie będzie musiał przesyłać na żądanie organów podatkowych struktury Jednolitego Pliku Kontrolnego dla Faktur (JPK_FA). Dane te będą dostępne dla organów podatkowych w KSeF, a zatem ich dodatkowe przesyłanie nie miałoby uzasadnienia.