Osoba, która zawiesiła działalność gospodarczą na co najmniej 6 kolejnych miesięcy, zostanie wykreślona z rejestru podatników VAT.
Tak wynika z art. 96 ust. 9a pkt 1 ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym od 1.01.2017. Wykreślenie to ma jednak charakter tymczasowy.

W myśl bowiem art. 96 ust. 9g ustawy o VAT podatnik po okresie zawieszenia zostaje ponownie zarejestrowany – bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, z dniem wznowienia wykonywania działalności gospodarczej, z takim statusem, jaki miał przed dniem zawieszenia działalności.

Wykreślenie podatnika z rejestru podatników VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 1 ustawy o VAT nie wyklucza przy tym wykonywania przez niego czynności podlegających VAT. Jeżeli podatnik zamierza w okresie zawieszenia działalności wykonywać takie czynności (np. sprzedawać środki trwałe czy wyposażenie), jest – jak stanowi art. 96 ust. 9b ustawy o VAT – zobowiązany zawiadomić o tym właściwego naczelnika US, wskazując okres, w którym będzie wykonywać te czynności (przed zawieszeniem działalności albo rozpoczęciem ich wykonywania w okresie zawieszenia). Wówczas naczelnik US nie wykreśla podatnika z rejestru albo przywraca go do rejestru na okres wskazany w zawiadomieniu. Po upływie tego okresu – jeżeli wykonywanie działalności gospodarczej nie zostało wznowione – naczelnik US wykreśla podatnika z rejestru podatników VAT (art. 96 ust. 9c ustawy o VAT).

W okresie wykreślenia z rejestru podatnik, który zawiesił działalność gospodarczą, nie korzysta z prawa do odliczenia (art. 88 ust. 4 ustawy o VAT). Nie oznacza to jednak definitywnej utraty tego prawa. Po przywróceniu rejestracji (na skutek zgłoszenia wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu w okresie zawieszenia albo na skutek wznowienia działalności gospodarczej) podatnik może odliczyć VAT naliczony w okresie zawieszenia (w tym wstecznie, tj. składając deklaracje VAT za okresy, w których był wykreślony).
Omawiane przepisy stosuje się do podatników, którzy zawiesili wykonywanie działalności gospodarczej od 1.01.2017 (tj. dnia wejścia w życie tych przepisów). Z regulacji przejściowych nie wynika bowiem, aby były one stosowane do podatników, którzy zawiesili działalność wcześniej.

Pozostałe przypadki, kiedy naczelnik US może wykreślić podatnika z rejestru czynnych podatników VAT

● podatnik obowiązany do składania miesięcznych lub kwartalnych deklaracji VAT nie złożył ich za 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały (chyba że wezwany przez właściwego naczelnika US udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą oraz złoży niezwłocznie brakujące deklaracje – art. 96 ust. 9d),
● podatnik przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały składał miesięczne lub kwartalne deklaracje VAT, w których nie wykazywał sprzedaży lub nabycia towarów/usług z kwotami VAT do odliczenia (chyba że – zgodnie z wyjaśnieniami podatnika – niewykazanie sprzedaży lub nabycia towarów lub usług wynikało ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej – art. 96 ust. 9e),
● podatnik wystawiał faktury lub faktury korygujące dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane – tzw. puste faktury (chyba że wystawienie pustej faktury lub faktury korygującej było wynikiem pomyłki bądź nastąpiło bez wiedzy podatnika – art. 96 ust. 9f),
● podatnik, prowadząc działalność gospodarczą, wiedział lub miał uzasadnione podstawy, aby przypuszczać, że dostawcy lub nabywcy biorący udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie tego samego towaru/usługi uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu odniesienia korzyści majątkowej,
● podatnik w składanych deklaracjach podatkowych przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały wykazał wyłącznie sprzedaż zwolnioną od VAT, ale nie złożył stosownego zgłoszenia aktualizacyjnego do US – art. 86 ust. 19a; taki podatnik pozostaje w rejestrze jako zwolniony (do przerejestrowania nie dojdzie, gdy ze złożonych przez niego wyjaśnień będzie wynikać, że niewykazanie w deklaracjach VAT sprzedaży innej niż zwolniona ma związek ze specyfiką działalności gospodarczej, a nie z zaprzestaniem wykonywania takiej sprzedaży; w grę wchodzi również przywrócenie zarejestrowania podatnika jako czynnego, bez konieczności składania zgłoszenia – art. 96 ust. 10b i 10c).